Evangelion Movie 3: Q

چهارده سال پس از برخورد سوم، زمین به ویرانه‌ای پساآخرالزمانی تبدیل شده و تمدن بشر فروپاشیده است. شینجی ایکاری که در یونیت-۰۱ گرفتار بود، توسط آساکا و ماری از فضا نجات پیدا می‌کند، اما حالا اسیر گروه نظامی WILLE به رهبری میساتو شده است. دوستان قدیمی‌اش با بی‌اعتمادی به او نگاه می‌کنند و از حمایت خودداری می‌کنند. شینجی، زخمی و سردرگم، با کمک ری آیانامی به NERV بازمی‌گردد و با کائورو ناگیسا آشنا می‌شود؛ کسی که نگاهی تازه به وضعیت جنگ و هدف سازمان به او می‌دهد. اما آرامش آن‌ها دوام ندارد، چون دشمنان شینجی دیگر فرشتگان نیستند، بلکه همراهان سابقش هستند. اکنون او باید با واقعیت تلخ گذشته و آینده‌ای نامعلوم روبه‌رو شود.